Маркус Баббель прибыл на "Энфилд" в июне 2000 года на правах свободного агента. Но уже на тот момент он был одним из самых титулованных игроков в истории немецкого футбола.4 титула чемпиона Германии, 3 кубка немецкой Лиги, 2 Кубка Германии, Кубок УЕФА 1996, чемпион Европы 1996.

На тот момент Бавария уже согласилась продать Маркуса в Реал, но тот предпочел подписать контракт с "Красными" по окончании старого. До того момента, как у него был обнаружен синдром Гийена-Барре, погубивший не одну спортивную карьеру, Маркус был неотъемлемой частью обороны Ливерпуля, сделавшего кубковый "трёбл" в 2001 году. Он отказался сдаваться болезни, и вернулся уже через 15 месяцев после обнаружения страшного диагноза, который мог на всю жизнь усадить его в инвалидное кресло. Естественно, он уже не показыва такой блестящей игры, как раньше, но опыт и сила воли помогли ему обрести себя.

Но проблемы никогда не приходят поодиночке. Баббель, который всегда отличался профессионализмом и дисциплинированностью, дважды был удален во время матчей за резервную команду. Сезон 2003/2004 он провел в Блэкбёрне Грэма Сунесса, выйдя на поле 25 раз. Затем дорога ему была открыта лишь в немецкий Штутгарт, так как было ясно, что в планы Бенитеса немец не входил. Вместе со Штутгартом он завоевал титул чемпиона Германии. Через месяц он занял пост менеджера немецкого клуба, подписав контракт до 2011 года.

За свою карьеру он сыграл около 350 матчей в Германии и в Англии. Также он представлял свою страну в 51 матче. Он никогда не отличался большим количеством голов за Ливерпуль, но один его гол, гол в ворота Алавеса в финале кубка УЕФА, стал важнейшим в его карьере.