Фернано Мориентес сделал себе имя по выступлениям в составе Альбасете в 1993. За два сезона он забил 5 голов в 22 матчах. В 1997 Фернандо Мориентес двухлетним транзитом через Сарагосу перешел в мадридский Реал. Мадрид дал Мориентесу то, о чем мечтает каждый футболист – на наивысшем уровне проявлять свой талант в Европе. Он дважды: в 2000 и 2002 понимал над головой кубок Лиги Чемпионов, а также был финалистом этого турнира с Монако в 2004, забив тогда 9 голов в 12 матчах на пути к финалу с Порту. Это достижение сделало его лучшим нападающим Европы в сезоне.

Помимо этих европейских наград Фернандо дважды стал чемпионом Испании, забил 72 гола в почти 180 играх. Началом конца мадридской карьеры для Нандо стал приход Роналдо, после которого испанец стал четвертым форвардом в команде, и он отправился в Ливерпуль. Там Мориентес принял участие в 61 матче и отметился 12 раз в матчах за "Красных". По сути, он так и не был игроком основы, в основном выходя на замены. Мориентес мог стать частью триумфальной команды Бенитеса в стамбульском финале Лиги Чемпионов, но не принимал участие в соревновании по той причине, что уже был заигран за Реал в том же турнире. Та победа сделала бы его 4-кратным обладателем евротрофея в составе разных команд, но не судилось…

Возвращение в Испанию в июле 2006 свидетельствовало о начале конца карьеры Мориентеса, если говорить о серьезных достижениях, так как к тому моменту ему исполнилось 30 лет. За первые два сезона в составе "Летучих мышей" он наколотил 30 голов в разных турнирах. В июле 2009 года Фернандо свободным агентом покинул Валенсию и перешел в марсельский Олимпик, с которым под руководством Дидье Дешама стал обладателем медали чемпиона Франции, хотя и не смог отметиться больше одного раза в 12 играх. В последний день трансферного окна лета 2010 года, отказав лиссабонскому Спортингу, а также ряду команд из Мексики, Катара и ОАЭ, -Фернандо Мориентес обьявил о завершении профессиональной карьеры игрока.