Фабио Аурелио – воспитанник бразильского Сан-Паулу, дебютировал в составе клуба в 1997 году, выступал за молодежную сборную Бразилии на различных уровнях. Также играл в 2000 году на Олимпиаде в Сиднее. 

Он присоединился к Валенсии после Олимпийских игр и подписал контракт на 6 лет. В сезоне 2001-02 Фабио Аурелио принимает участие в завоевании первого чемпионского титула Валенсии за 31 год. Сезон 2003-04 также стал запоминающимся для «летучих мышей», одержавших победу в Ла Лиге и Кубке УЕФА, переиграв в финале Марсель со счетом 2-0. Аурелио пропустил большую часть сезона из-за перелома ноги и принял участие только в 2 матчах. 

Аурелио получил итальянский паспорт, теперь он не попадает под действие лимита на игроков не из Европы, который действует в Ла Лиге. 

1 июля 2006 года Фабио Аурелио присоединился к Ливерпулю по свободному трансферу, после того как отказался заключать новую сделку с Валенсией. 

13 августа 2006 года Аурелио стал первым в истории бразильцем, игравшим за «Ливерпуль», когда он вышел на замену на 56-й минуте матча против Челси, состоявшемся в рамках розыгрыша Суперкубка Англии 2006 года.Но травмы не оставляли Фабио в Ливерпуле. Когда он уже восстановился после предыдущих травм и набирал игровую форму, Фабио повредил Ахиллово сухожилие в матче с ПСВ в рамках 1/4 финала Лиги Чемпионов в сезоне 2006/2007. Длительное восстановление негативно повлияло на частоту появлений футболиста на поле в следующем сезоне. Тринадцать из 29 выходов на поле пришлись на кубковые противостояния, в том числе и на матчи Лиги Чемпионов против Интера, Марселя и Арсенала. В одном из домашних матчей, а именно в игре с Астон Виллой он забил досандый автогол, который, правда, затем компенсировал точным ударом в ворота Болтона.

Сезон 2008/2009 стал лучшим в карьере Фабио на "Энфилде". Он 27 раз выходил на поле в стартовом составе, а также 5 раз начинал матч со скамейки запасных. И даже несмотря на травмы, из-за которых он провел 6 недель в лазарете (с ноября по январь), он отыграл на наивысшем уровне. Помимо великолепных защитных качеств, он продемонстрировал умение забивать сногсшибательные голы. Чего только стоит гол в ворота Челси в ответном матче четвертьфинала Лиги Чемпионов, который многим болельщикам напомнил шедевр Гари Макаллистера в 2001 в финале кубка в ворота Эвертона. Кроме того, потрясающим голом со штрафного Фабио помог команде разгромить вечных оппонентов из Манчестер Юнайтед 4-1. Казалось, что таким образом он окончательно завоевал место в основе клуба, однако нелепая травма, полученная Аурелио во время отпуска по окончании того сезона когда он играл в футбол со своим сыном, не позволила ему сыграть несколько месяцев в начале сезона 2009/2010.

В провальном для всего клуба сезоне Фабио сыграл всего 14 матчей в Лиге и 9 в кубках. К тому времени в составе Ливерпуля отлично заиграл молодой аргентинский талант Эмилиано Инсуа, кроме того, иногда на левом фланге Бенитес, для которого этот сезон стал последним в Мерсисайде, также использовал Дани Аггера.

Контракт бразильца истекал летом 2010 года, и руководство не желало продлевать соглашение с латералем. За 4 года в Ливерпуле Аурелио провел 110 матчей и забил 4 гола.

За летнее трансферное окно 2010 его связывали с рядом европейских клубов, включая Олимпиакос и Спортинг. Однако в Ливерпуле к тому моменту были уже новые порядки, и Фабио, в чем его и заверил Ходжсон, сможет поучавствовать в построении нового Ливерпуля, и Аурелио подписал новой двухлетнее соглашение.