"Супер Дэн" первый свой контракт подписал с Крю. На тот момент он успел покапитанить в юношеских и молодежных сборных Англии разных возрастов. Полноценный дебют в лиге состоялся у Мерфи в январе 1994. Немного прошло с того момента, пока Дэнни закрепился как основной такующий полузащитник команды.

В Ливерпуле такой определенности и скорости развития не было, хотя "Красные" отдали за него внушительные на тот момент (1997 год) полтора миллиона фунтов. Также он не приглянулся новому менеджеру Жерару Улье, и француз сдал игрока в аренду в Крю в 1999 году, а также дал другим клубам знать о его доступном в трансферном плане статусе.

Но потом вопрос о трансфере Мерфи закрылся на долгие годы. Под руководством Улье Дэн поймал свою звезду. В сезоне 2002-03 он стал лучшим игроком, а три его гола в ворота Манчестера в этот период приносили победу Ливерпулю трижды со счетом 1-0 - все матчи состоялись на "Олд Траффорде". Также он забил немало других не менее важных голов.

Тем не менее, в планы нового тренера "Красных" Рафы Бенитеса Мерфи не входил, и вынужден был сменить клуб - на сей раз его приютил Чарльтон. За 64 матча за "Эддикс" он забил 10 голов, после чего отправился в Тоттенхэм, который еще в момент перехода в Чарльтон был среди основных фаворитов на Супер-Дэна. На "Уайт Харт Лейн" он отыграл всего один сезон, после чего перебрался в другой лондонский клуб - Фуллхэм.

В последний день летнего трансферного окна Лоури Санчес, тогдашний тренер "Дачников", приобрел футболиста. Вскоре его заменил Рой Ходжсон. Положение Мерфи не то что не ухудшлось, а даже наоборот - Дэнни стал капитаном и привел свою команду к очень даже неплохим результатам. Именно Мерфи в последнем матче первого сезона в Фулхэме против Портсмута сохранил своей команде прописку в элите, а в течении двух следующих сезонов команда Ходжсона просто феерила, особенно в 2009-10. Тогда "Дачники", пробившись годом ранее в Лигу Европы, дошли до финала второго по значимости европейского турнира, где, к сожалению, уступили мадридскому Атлетико. И сейчас он продолжает быть одним из лучших полузащитников своей команды.