Многие болельщики Ливерпуля были шокированы, когда в Ливерпуль перешел игрок, разрушивший в мае 1989 мечты о завоевании титула "Красными". Тем не менее, Томас исправился в глазах Скаузеров в матче с Сандерлендом в конце первого сезона. Сунессу в Томасе нравилась разностороннесть Томаса: Майкл мог играть как справа в обороне, так и в полузащите, в центре.

Травмы мешали темнокожему футболисту заявить о себе по-настоящему до сезона 1995-96. Он показал невероятную выносливость и мастерство обращения с мячом, позволяя Барнсу действовать в нападении более свободно и эффективно. После двух лет с Сунессом в Бенфике, карьера Томаса пошла на спад.