Профессиональная футбольная карьера Эмлина началась в Блэкпуле. Билл Шенкли, увидев только одну игру Хьюза в майке Блэкпула, сразу же изъявил желание приобрести этого игрока. Дебют Хьюза состоялся 4 марта 1967 в матче против Стоук Сити на "Энфилде". Первый его мяч был зафиксирован в матче с Ньюкасл Юнайтед, который завершился со счётом 6-0. Эмлин быстро стал любимчиком Копа, получив кличку «Сумасшедший конь» после того, как он с помощью регбийного приёма остановил нападающего Ньюкасла Альберта Беннета. Хьюз был не только любимчиком "Копа" : в голосовании за звание "Самого красивого игрока" Футбольной Лиги Англии он занял безоговорочное первое место.

В Ливерпуле Эмлин играл на позиции полузащитника вплоть до сезона 1973-1794, когда Хьюз был отправлен в напарники к центральному защитнику Филу Томпсону. Между новоиспеченной парой центральных защитников сложилось особое взаимопонимание, также они использовали инновационное, для того времени, построение атак через центральных полузащитников вместо забросов на нападающих со своей половины поля.

1973 год стал наиболее значимым для Хьюза. В этом сезоне Хьюз выиграл первый для себя чемпионский титул страны и Кубок УЕФА. Также отметился дублем в мерсисайдском дерби на «Гудисон парк» и сменил опального Томми Смита на посту капитана команды. В последующих годах он был основным игроком основы Ливерпуля и завоевал вместе с клубом множество трофеев и званий (Чемпион Англии 1976,1977 годов, обладатель Кубка Англии 1974 года, обладатель Кубка Европейских Чемпионов 1977 и 1978 годов, обладатель Кубка УЕФА 1973 и 1976 годов, Лучший футболист Англии 1977 г). Он не выигрывал с Ливерпулем только Кубок Лиги, который поднял над головой уже в качестве капитана Вулверхемптона. Хьюз за сборную провел 62 матча (1969-80), и 23 матча в качестве капитана, и безумно жаль, что его лучшие годы пришлись на годы "застоя" в английской дружине. После ухода из Вулверхемптона, в 1981 году Эмлин занял пост тренера Ротэрхэм Юнайтед, которым руководил до 1983 года.

После работал на телевидении, вел спортивную викторину на ВВС. В 2003 врачи обнаружили у Эмлина рак головного мозга. 9 ноября 2004 года капитана "Ливерпуля", поднявшего первый для клуба Кубок чемпионов, не стало.