Маклафлин дебютировал в Ливерпуле в 18 лет. Он показывал огромный потенциал в резервной команде, и тренеры верили: вот она, восходящая звезда команды. Даже Шенкс назвал его лучшим игроком Академии, который еще покажет себя. Первым его матчем стала финальная игра сезона 1969-70 против Челси. Несмотря на столь юный возраст, он стал одним из основных игроков полузащиты Ливерпуля в новом сезоне. Во втором матче Ливерпуль принимал Хаддерсфилд Таун, и просто разгромил оппонента со счетом 4-0. Маклафлин в том матче отметился дважды.

Маклафлин провел 30 матчей кряду в первом дивизионе, однако потерял место в основе, и затем лишь трижды фигурировал в последних 12 матчах. Тот сезон оказался единственным, когда Джон регулярно появлялся на поле. Он входил в планы Шенкса по возрастной трансформации состава, однако по завершении этого процесса оказалось, что для Маклафлина нет места в составе Ливерпуля. Он вышел в основе первого матча сезона 1971-72, но затем лишь четырежды появлялся в основе, дважды – со скамейки запасных. Для получения игровой практики его отправили на юг Англии в Портсмут. Все надежды на успешную карьеру разбились вдребезги, когда Джон получил серьезную травму колена. Она вынудила полузащитника завершить карьеру в 24 года.