Хотя ливерпудлианская карьера Фрэда Пэгнэма была короткой, он доказал, что является забивным полезным форвардом. Он перебрался к берегам реки Мерси в 1914, когда ему было 23 года. Болельщик Ливерпуля и бывший играющий тренер Блэкпула Джек Кокс рекоммендовал Пэгнэма "Красным", а в газете Echo он описывал Фреда так: "лучший игрок в Первом Дивизионе". Первым голом он отметился в дебютном поединке против Челси 10 октября 1914, а три недели спустя оформил "покер" в ворота Тоттенхэма, когда "Шпоры" были обыграны 7-2. Всего в том сезоне он забил 24 гола в 29 матчах Первого дивизиона.

В 1917 он выступал свидетелем в знаменитом деле о взятках с участием игроков Ливерпуля и Манчестер Юнайтед, когда матч в 1915 завершился победой манкунианцев 2-0. Фрэд сообщил, что Джеки Шелдон предлагал ему за "матч" 3 фунта, но Пэгнэм отказался принимать участие в этом деле. Как и у многих его современников, карьера Фреда была прервана Первой Мировой войной, но он остался верен своим голеадорским традициям, и регулярно забивал в товарищеских матчах времен войны.

В октябре 1919 форвард перебрался в Арсенал, где он забил 26 голов в 50 матчах, что было очень высоким показателем. Позже он поиграл за Кардифф и помог им подняться в элитный дивизион, а затем, в декабре 1921, перешел в Уотфорд из третьей лиги за рекордную сумму. Наиболее запомнившимся достижением было три хет-трика в пяти матчах кряду. Позже он стал менеджером Уотфорда в период 1926-29, а также провел определенный период в национальной сборной Турции. Кроме того, он тренировал сборную Голландии на протяжении 8 лет. Тренерская карьера закончилась вынужденно из-за необходимости бежать от нацистов со своей женой-голландкой в 1940 году. Позже он занимался выдачей лицензий в Ланкашире.