Джон Уокер перешел в Ливерпуль в конце сезона 1897-98 из шотландского Хартса, где он был капитаном. У себя на родине Уокер дважды выиграл чемпионский титул и один раз Кубок Шотландии. Дебютировал игрок и в национальной сборной: 30 марта 1895 года он вышел на поле в матче с командой Ирландии.

В своем дебютном сезоне на "Энфилде" Уокер пропустил лишь 2 игры. Забив 11 раз в 32 матчах он помог новой команде занять второе место в чемпионате. В 1901 году Ливерпуль впервые в своей истории выиграл национальное первенство, Уокер все еще был игроком стартового состава. Отыграв за мерсисайдцев еще сезон, полузащитник вернулся в Шотландию, где защищал цвета Рейнджерс.