Хантер сыграл за клуб 45 матчей на пересечении 19 и 20 веков. В сезоне 1899-00 он принял участие в 20 играх и отметился 5 голами. Еще три гола он добавил к этому показателю через год. Последний матч Джона в Ливерпуле прошел в конце марта 1902.

Позже он два года отыграл в Хартс, забив 14 голов в 42 играх, а затем, транзитом через Вулвич Арсенал, перебрался в Портсмут. С 1905 по 1907 год он забил 11 мячей в 37 встречах северной лиги. Наиболее продуктивным на позиции форварда Хантер оказался в Данди Юнайтед, где 46 раз его фамилия попадала в послематчевый отчет. Там он провел период 1907-10.