Шотландский правый инсайд Макферсон перебрался в Мерсисайд в 1906 году, как раз после того, как Ливерпуль во второй раз победил в национальном чемпионате. В начале ливерпудлианской карьеры о нем говорили, как о "великолепном в созидании, активном во всех действиях и невероятно выносливом игроке".

На удивление футбольной общественности, "Красные" не сумели повторить достижение прошлого года. Однако Билл немало привнес в несколько победных серий Ливерпуля в том сезоне. В общем в том сезоне Макферсон отметился 11 раз в 32 встречах.

В первой половине сезона 1907-08 он провел 7 матчей, что сильно отличалось от показателя в концовке сезона, когда на счету Билла было 20 игр. Помимо матчей лиги он 7 раз выходил в кубковых противостояниях, отметившись в графе "Голы" всего раз – против Олдхэма 2 февраля 1907 года.