Как и многие игроки того времени, Джон начинал свою футбольную карьеру в качестве игрока любительской команды. Миллер выступал за местную команду из Дамбартона, а затем поступило предложение от "новорождённого" клуба из Ланкашира.

"Машина для голов". Под таким именем Джон Миллер вошёл в историю клуба. За один сезон в форме Ливерпуля он забил 25 мяча в 24 матчах ланкаширской лиги. При этом он был первым в истории Ливерпуля, кому удавалось забить 5 раз в одном матче. 3 декабря в игре против Флитвуд Рейнджерс Джон оформил "пента-трик". Подобное позже удавалось таким игрокам как Энди Макгайган(1902), Джон Эванс(1954), Иан Раш(1983) и Робби Фаулер(1993). 

По итогам сезона Ливерпуль пробился во второй дивизион. Джон потребовал от клуба зарплату в размере 100 фунтов. Как писали тогда газеты, это было "неподъёмной суммой" для клуба, учитывая выплаченный каждому игроку денежный бонус за удачную игру в ланкаширской лиге. Поэтому Миллер перешёл в клуб, выступающий в первом дивизионе Англии, Вензди, который обязался платить ему затребованную зарплату.