В качестве игрока Джо Фэган мог попасть в Ливерпуль Джорджа Кэя, однако тренер не счел его достаточно хорошим игроком, и он отправился в Манчестер Сити, где был средним полузащитником. Джо вернулся в Ливерпуль в качестве члена тренерского штаба 30 июня 1958 года. В июле 1971 он был назначен главным тренером резервной команды, а в 1974 стал тренером первой команды. До 1979 Фэган был правой рукой Боба Пэйсли. А 1 июля Джо сам стал менеджером. Публика с небольшой опаской отнеслась к новому тренеру, однако в первом сезоне у него все пошло "как по маслу": Фэган вписал себя в историю, как первый в Британии тренер, который в первом своем сезоне выиграл сразу три главных трофея: Лигу, Кубок Лиги и Европейский Кубок. Он унаследовал после Пэйсли сильную команду, но и это не было секретом его успеха. Команда, по его мнению, нуждалась в сильном лидере. Однако все шло к тому, что этот лидер, а по совместительству один из лучших игроков, Грэм Сунесс, покинет клуб. Так и произошло.

Пол Уолш, самый многообещающий игрок по итогам сезона 1983-84, был куплен за 700 тысяч фунтов, Ян Мёльбю - за 225 тысяч в Аяксе, полузащитник Кевин Макдональд пришел из Лестера. Джон Уорк, прошлогодняя покупка Фэгана, стал лучшим бомбардиром клуба. Но начало следующего сезона было просто ужасным. Мало того, что в полузащите не хватало Суи, главный бомбардир клуба - Иан Раш - не мог выходить на поле из-за травмы до середины октября. В конце этого месяца Чемпионы Англии и обладатели Кубка Европы находились на 20 месте из 22-х команд (2 победы, 5 ничьих, 4 поражения). На 10-ю строчку "Красные" поднялись в декабре, но к концу сезона они не смогли догнать Эвертон, который стал чемпионом. Ливерпуль был вторым. И снова клуб достиг финала Кубка Европы. К тому же, Фэган заявил ,что этот финал станет последним его матчем во главе Ливерпуля и что футболисты смогут называть его просто Джо, а не Босс, как раньше..

Из-за хулиганов этот драматичный момент прошел не так, как хотелось Фэгану. Когда он вышел из самолета уже в Ливерпуле, все видели печаль на его лице. Он плакал в плечо Рою Эвансу.

Один из футболистов, пришедших в Ливерпуль в эру Фэгана, ирландский футболист Джим Беглин, сказал: "Он был настоящим человеком. Он был скромным и всегда понимал проблемы простых людей. Он был настоящим джентельменом. Но за этой мягкой оболочкой скрывался настоящий профессионал. Его слова значили очень много для каждого. Он был авторитетом".